Unity3D 5.2 permite a los desarrolladores crear juegos como aplicaciones universales para Windows 10

Ya, pero meter las texturas y polígonos de la versión de PC en la versión de móvil para luego no usarlas es gastar espacio de almacenamiento en el móvil tontamente, simplemente en texturas un juego puede pasar de 500mb a los 5gb, además eso sigue sin solucionar el problema de los controles.

Yo creo que no estás viendo todo el panorama correctamente, estás en lo cierto que las plataformas serán distintas y no se si eres desarrollador, yo si, y uno en un proyecto de lo más simple, por ejemplo web, tiene diferentes assets dependiendo de la resolución o dispositivo y se cargan las que son necesarias, y lo que yo estoy casi seguro es que al compilarse para cada plataforma, los assets, modelos 3D, etc, etc, etc de cada plataforma se enlazarán a cada una, así la versión para PC o Xbox ONE quedarán con los modelos súper definidos y resultará un paquete ejecutable grande y la versión para Móviles tomará los modelos menos definidos o más pequeños y el paquete resultante será más pequeño, vamos, es software y así ha funcionado siempre, lo que hace la nueva versión Unity 3D es permitirte tener un único código para todas las plataformas.

Estás pensando en COD y GTA. Piensa en algo bonito, cuco, pero que no necesita de 50 millones de polígonos en pantalla.

Lo mismo pensé yo en su momento. . . pero por ejemplo, Clash of Clans, cuando se actualizó para Win10, pensé que se vería mal, y al contrario, se ve muy bien, a pesar de correrlo a pantalla completa en la Surface.
Y varios juegos que he visto por ahí se ven bien, claro no en la calidad de un CoD:BO o de un Diablo, pero se ven muy bien a pantalla completa.

Clash of clans en windows?

si clash of clans estuviese disponible para ruindosfon habrían corrido ríos y ríos de "tinta" sobre el tema y los publi-evangelizadores lo estarían ladrando a todas horas ( como hicieron en su momento con el juego de los "caramelitos" versión obsoleta que tan inutil y estúpido era cuando solo estaba disponible para android/iOS )

la realidad es que supercell ( desarrollador de CoC , y otros juegos de éxito para plataformas android/iOS ) no ha portando CoC al sistema de los baldosines de water.

los publicitadores-multicuenta suelen tratar de hacer creer a la gente desinformada que las cosas de éxito de otras plataformas están también para el fiasco de ruindosfon para ver si de esa manera pican y compran un pisapapeles que viene muy bien para los "números" que quiere presentar microsoft a los desarrolladores.

si quieres instalar CoC en un pisapapeles con ruindosfon parece que puede hacerse ( pero es todo menos sencillo ):

http://cocland.com/tutorials/clash-of-clans-for-windows-phone

personalmente no veo demasiado mérito en correr el CoC en equipos multi-core y con 1GB de ram cuando lo hace perfectamente en un viejo samsung wave S8500GT con su procesador monocore y sus 380MB de ram ( por eso que tanto ladran los publiguinous de "la optimización" )¬¬

Asphalt 8 Airbone es un excelente juego, igual que Plantas vs zoombies, minecraft, etc

Bueno, a riesgo de equivocarme, lo que yo creo que se haría es que el motor se adapta al dispositivo en el que corra el juego y la calidad gráfica será la apropiada o soportada por cada dispositivo, vamos, como funcionan los juegos de PC normales, que traen niveles de calidad gráfica que dependiendo de tu GPU + CPU puedes o no soportar, no sería tan diferente.

Siempre puede Optimizarse.
Como dijeron, antes existían los juegos multiplataforma, ahora solo tendras que hacer algunos ajustes de acuerdo, no a la plataforma, si no al dispositivo en el que se corra el juego.